由于色譜儀的色譜柱具有的分離能力，把物質(zhì)按保留時(shí)間大小進(jìn)行分離，然后通過與標(biāo)樣保留時(shí)間進(jìn)行對(duì)比的方法確定物質(zhì)性質(zhì)，因此對(duì)未知樣品很難定性分析。而質(zhì)譜儀是直接測定物質(zhì)的質(zhì)量數(shù)與電荷的比值(m/z)在定性分析方面既準(zhǔn)確又快速。把色譜與質(zhì)譜聯(lián)合起來使用，
氣相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀GCMS實(shí)際上是把質(zhì)譜儀作為色譜儀的一個(gè)通用檢測器來使用。
氣相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀GCMS主要掃描模式：
1.[endif]全掃描：掃描兩個(gè)質(zhì)量過濾器（Q1和Q3）的整個(gè)（或部分）質(zhì)量范圍，而Q2不包含任何碰撞氣體。此實(shí)驗(yàn)可以查看樣品中包含的所有離子。
2.[endif]子離子掃描：在Q1中選擇一個(gè)特定的m/Q，用碰撞氣體填充Q2使所選m/Q碎裂，然后掃描Q3的整個(gè)（或部分）質(zhì)量范圍。該實(shí)驗(yàn)可以查看所選前體離子的所有碎片/產(chǎn)物離子。
3.[endif]前體離子掃描：掃描Q1的整個(gè)（或部分）質(zhì)量范圍，在Q2中填充碰撞氣體，將掃描范圍內(nèi)的所有離子碎片化，然后Q3選擇一個(gè)特定的m/Q分析。此實(shí)驗(yàn)可以通過檢測產(chǎn)物離子和檢測之前的m/Q的時(shí)間相關(guān)性，確定哪個(gè)m/Q前體離子可能產(chǎn)生所選產(chǎn)物離子。
打開和關(guān)閉順序：
啟動(dòng)：開啟氮?dú)猓O(shè)定溫度（柱箱、汽化）加熱空氣和氫氣點(diǎn)火。
基線注射對(duì)準(zhǔn)
關(guān)閉：關(guān)閉氫氣和空氣，關(guān)閉加熱器，冷卻氮?dú)?，在室溫下關(guān)閉氣相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀GCMS電源。
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